Согласно альтернативному варианту развития истории, после поражения во второй мировой войне Япония оказалась разделённой между союзниками - северный остров Хоккайдо аннексировал Советский Союз, а Хонсю и другими южными островами овладели американцы. Летом 1996 года Советы начали сооружать в своей зоне оккупации загадочное сооружение - башню столь исполинских размеров, что трое товарищей-старшеклассников с американского Хонсю, гуляющих вместе в пору школьных каникул, могли отчётливо видеть её контуры, возносящиеся в заоблочную высь. Друзья дали друг другу зарок, что однажды они построют аэроплан и раскроют секрет гигантской башни, но все планы рухнули, когда красавица Саюри Саватари, предмет тайных воздыханий двух её друзей, начала испытывать симптомы странной сонной болезни, и её отправили на лечение в Токио, а после окончания средней школы пути ребят разошлись. Спустя три года повзрослевший Хироки Фудзисава случайно узнаёт, что Саюри с тех пор пребывает в коме, и обращается за помощью к своему прежнему закадычному другу Такуя Сиракава, чтобы привести девушку в себя. Он ещё не знает, что бессознательное состояние Саюри напрямую связано с таинственной северной башней...

На земле воцарился мир и спокойствие, а все благодаря изгнанию. Людей, которые не хотели мириться с новыми правилами, преступников и мародеров всех изгнали глубоко под землю в город под названием Люкс. Но жители города Люкс не вымерли, они начали развиваться и их самым большим достижением была Технолизация. Технолизация была большим прорывом в медицине, теперь можно было свободно заменять утраченные конечности, заменять их более совершенными, более сильными и выносливыми. Но у технолизации было две стороны медали. Люди с холма, те которые считались богами, те которые изобрели технолизацию, люди города Клаас всегда мечтали вернуться на поверхность. И ради этих целей они готовы были пойти на все, даже создать огромную армию технолизированных людей, чтобы захватить поверхность. Ведь не знали они, что там наверху жизни больше нет. Теперь там город призраков, людей которые деградировали от всеобщего мира и просто тихо ждут своей смерти.

Второй сезон полностью наследует первому: Такаси Нацумэ по-прежнему живет в доме семьи Фудзивара, по-прежнему видит духов и по-прежнему оберегаем Нянко-сэнсеем. Сменяются сезоны, новые и новые призраки обращаются к нему за своими плененными именами или за той помощью, которую юный духовидец способен оказать ёкаям или уездным божкам.